Lembaga Desa berperan membantu kinerja pemerintahan desa untuk melaksanakan program yang disusun.
Berikut ini adalah Lembaga Desa yang ada di Desa Mojoagung,
- Pembinaan Kesejahteraan Keluarga (PKK)
- Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD)
- Badan Permusyawaratan Desa (BPD)
- Bintara Pembina Keamanan dan Ketertiban Masyarakat (Babinkamtibmas)
- Perlindungan Masyarakat (Linmas)
- Karang Taruna
- Badan Usaha Milik Desa
- Lembaga Adat
- Rukun Tetangga (RT) dan Rukun Warga (RW)